Pozsonytól húsz km-re délkeletre, a Duna bal partján fekszik. Az első hitelesnek vélt írásos emlék 1285-ből származik, ebben Somorját „Villa Sancte Márie" alakban említik. 1287-ben „Zenthmarya”, 1383-ban „Samaria”, 1406-ban „Sand Marein", 1513-ban „Zenth Maria" néven említik a korabeli források. 1287-ben Károly pozsonyi várispán kapta adományként. 1405-ben Zsigmond királytól szabad királyi városi jogokat és vámmentességet kapott, ekkor lakosai erődfallal vették körül. 1411-ben vásártartási jogot kapott. 1410-től többször elzálogosították. A 17. századtól a pozsonyi uradalom egyik központja, a Csallóköz nyugati részének gazdasági központja. A pálosok 1690-ben telepedtek meg itt, majd felépítették kolostorukat. Az első világháború idején területén hadifogolytábor működött, ahol főként oroszok és olaszok raboskodtak. A trianoni békeszerződésig Pozsony vármegye somorjai járásának székhelye volt.
